其中是在.Net中编译C#程序后的MSIL文件

是不是.exe只是一个扩展名，而文件实际上在MSIL中？

是的。

Microsoft有一个反汇编程序（Ildasm），它将向您显示IL和文件的反汇编版本。

.NET程序集对应于包含字节码的.class文件。NET程序集是编译.NET程序产生的文件，因此.exe文件或.dll文件都称为程序集。

PE格式也用于本地应用程序：你可以在网上阅读更多关于它的信息，这里有一个链接：深入了解Win32可移植可执行文件格式

.NET程序集不仅包含MSIL（现在称为公共中间语言CIL），而且还包含资源和元数据。最后，您可以使用ildasm.exe工具将程序集反汇编为中间语言。它与您的Visual Studio安装一起提供。